La Reserva Marina Galápagos, la séptima mayor área marina protegida en el mundo, y el Parque Nacional Galápagos, correspondiente al 97% de la superficie insular; son áreas de importancia mundial para la conservación. La flora y fauna, sus rasgos geológicos y la gran cantidad de especies endémicas, lo han convertido en un centro mundial de investigación científica y turismo. A pesar de todos los problemas que enfrenta, es uno de los archipiélagos volcánicos mejor conservados y un referente mundial de manejo de ecosistemas frágiles. Por 50 años, WWF ha cumplido un rol clave protegiendo su biodiversidad e impulsando su desarrollo sostenible.

Es considerado como uno de los océanos más productivos del mundo y reconocido por ser hogar de excepcional biodiversidad, endemismo y concentración de especies, incluyendo especies migratorias como tiburones, mantas gigantes, atunes que sustentan la producción pesquera y el turismo. Los recursos marinos y costeros apoyan la seguridad alimentaria y el sustento de más de 50,000 residentes costeros. El evidente deterioro de estos ecosistemas se debe a la sobreexplotación de recursos; la contaminación por mal manejo de desechos; y cambios en las condiciones oceanográficas por el calentamiento global.

El golfo de Guayaquil es la entrante de agua más grande del océano Pacífico en Sudamérica, cubriendo una distancia de 230 km. Aquí confluyen el agua dulce de los ríos que descienden de la cordillera y el agua salina proveniente del mar, formando un estuario. Su condición de hábitat biodiverso cuenta con la presencia de manglares alrededor de la mayor parte del estuario y grandes agregaciones de aves. Este paisaje soporta a las más importantes pesquerías del país, con una alta productividad de concha y cangrejo de cuyo aprovechamiento se benefician una gran cantidad de pobladores locales.

Aquí se ubica la Reserva de Producción de Fauna Cuyabeno, una de las áreas protegidas más grandes de la Amazonía ecuatoriana. Este complejo sistema de humedales aloja una inmensa biodiversidad y es hogar de especies emblemáticas, como el delfín de río, el jaguar, y la nutria gigante. Cinco nacionalidades indígenas también habitan esta reserva: Kichwas, Cofanes, Sionas, Secoyas y Shuaras, convirtiéndola en un área culturalmente diversa. WWF trabaja desde 2012, en procesos participativos de investigación y monitoreo de fauna, impulsando el desarrollo de medios de vida sostenibles y procesos de educación en las comunidades locales.

En la cuenca alta del río Pastaza encontramos el Corredor Ecológico Llanganates Sangay, esencial para la conectividad ecológica entre 2 importantes parques nacionales. Hogar del 8% de las especies de aves del mundo, 3,000 especies de plantas e importantes mamíferos como el oso andino. Su población depende de la agricultura, la mayor amenaza para la biodiversidad. WWF impulsa el turismo sostenible y busca mejorar las prácticas agrícolas y ganaderas. Este corredor es la entrada al territorio de la nacionalidad indígena Achuar, quienes junto a WWF y otras ONG trabajan en la declaratoria del Sistema Achuar de Conservación de Reservas Ecológicas.

La región biogeográfica del Chocó es reconocida internacionalmente como una de las áreas de mayor diversidad biológica del planeta. Se calcula que el Chocó Ecuatoriano mantiene a un 25% de la flora del país, o aproximadamente 6.300 especies de plantas, y alberga a más especies de palmeras que cualquier otra parte del mundo. También es el hábitat de 142 especies de mamíferos, de las cuales 15 (10,6%) son endémicas de la región. La Ecorregión del Chocó en Ecuador Occidental alberga una gran diversidad de grupos étnicos, incluyendo a descendientes africanos y comunidades de indígenas y mestizos.